Sean Patrick Flanery se narodil 11. října 1965 v Lake Charles v americké Louisianě, ale s rodiči se později přestěhoval do Houstonu. Jeho otec Paul byl vlastníkem firmy prodávající zdravotnické vybavení a matka Geannie realitní agentkou. Rodiče se rozvedli, když bylo Seanovi 16 let, má sestru Shannon a nevlastní sestru Meghan. Flanery navštěvoval Awty International School a po jejím ukončení se přihlásil na Dulles High School v Sugar Land, kde také absolvoval. Poté se nechal zapsat na Universitu St. Thomas v Houstonu, kde také začal hrát potom, co se nechal přeřadit do třídy s výukou herectví jen proto, aby mohl potkávat dívku, která se mu líbila. Později se přestěhoval do Los Angeles, kde začal pracovat na své kariéře.
Zprvu získával menší role v ne moc významných filmech, v roce 1992 se ale objevil jako mladý Indiana Jones ve stejnojmenném seriálu. Svým vzhledem a charismatem okouzlil nejednu dámu a dívku. Během natáčení Indyho příběhů natáčel i jiné filmy, většinou pro televizi nebo video filmy. Díky úspěšnosti se seriál dočkal i několika filmů s mladým Jonesem v hlavní roli, kdy poslední byl natočen v roce 1999, kdy bylo Flanerymu 34 let.
Jeho kariéra ale není jen mladý Indy Jones. První velká role kromě Indiany byla ta ve filmu BĚLÁSEK (1995), kde hrál mladého geniálního albína Jeremyho, jež byl ve sklepním pokojíku vychováván prarodiči poté, co jeho matka zemřela při porodu a otec se ho zřekl. Fanoušci "HVĚZDNÉ BRÁNY" si ho jistě vybaví z epizody "Povznesení", kde ztvárnil mimozemšťana Orlina, který se pomocí brány dostane s Carterovou na Zemi, sblíží se s ní, ale je nucen prchnout podomácku sestavenou bránou.
V roce 1999 přišel kromě několika Indyho dobrodružství i film BODY SHOTS, který rozebírá vztahy mezi ženami a muži, také komedie NEODOLATELNÁ po boku se Sarah Michelle Gellar, ale především film Troye Duffyho BOONDOCK SAINTS. Flanery zde hrál Connora McManuse, jednoho z irských bratrů (druhým bráškou byl Norman Reedus), kteří vzali spravedlnost do svých rukou a s pomocí geniálního agenta FBI Schmeckera (Willem Dafoe) se stali nejen soudci, ale i vykonavateli trestu.
Následovaly ne moc významné filmy jako NEORANÉ POLE (2000), ALJAŠSKÝ EXPRESS a HRANICE ŠÍLENSTVÍ (oba 2002) a také menší role ve filmu D-TOX, kde hrál policistu v léčebně pro závislé a psychicky otřesené ochránce zákona. Moc dlouho se tam ale neohřál, stal se totiž hned prvním mrtvým na klinice odříznuté od světa. V dalších letech se objevoval ve filmech různých žánrů, například v béčkových až céčkových hororech DEMON HUNTER (2005) a KAW (2006), které byly pořádnými propadáky, objevil se ale také v epizodě hororového seriálu, "MISTŘI HORORU".
Flanery měl hrát ve filmu Lost in Space majora Dona Westa, roli ale nakonec dostal Matt LeBlanc. Sean má černý pásek v brazilském jiu-jitsu a černý pásek v karate, není ženatý (ani rozvedený), má psa, který se jmenuje Donut a v roce 1997 vyhrál závod Toyota Pro-Celebrity Race. Jeho láska k rychlé jízdě a krásným autům se projevuje dodnes - občas jezdí různé závody a je vlastníkem Cadillacu Convertible z roku 1965.
