Po studiích na katedře filmové režie pražské FAMU a asistování mj. u režiséra Václava Kršky natočil v roce 1960 jako svůj první hraný film krátkometrážní SOUSTO podle "lágrové"povídky Arnošta Lustiga. Jeho mezinárodním úspěchem byl celovečerní hraný debut DÉMANTY NOCI podle jiné válečné povídky téhož autora a vlastního scénáře v roce 1964. Byl odměněn Velkou cenou města Mannheimu a dnes patří ke klasickým dílům evropského filmu šedesátých let. Do povídkového filmu pěti různých režisérů podle Bohumila Hrabala PERLIČKY NA DNĚ z roku 1965 přispěl brilantní miniaturou PODVODNÍCI, pravděpodobně nejzdařilejší jeho částí.
O rok později dosáhl svého zatímního vrcholu. Vedle povídkových MUČEDNÍKŮ LÁSKY natočil/obojí podle scénáře Ester Krumbachové svůj druhý celovečerní film O SLAVNOSTI A HOSTECH, parabolu o zradě vzdělanců s několika významovými vrstvami, kterou řadím k nejlepším dílům české kinematografie vůbec. Němcův film ještě i v roce 1966 natolik pobouřil vládnoucí komunistickou moc, že byl předmětem parlamentní interpelace a ihned byl krátkodobě i zakázán (v 70.a 80.letech pak samozřejmě úplně). Film získal cenu filmové kritiky na MFF v Bergamu a Jan Němec byl za tento film vybrán anglickým odborným časopisem Film and Filming za nejlepšího světového režiséra roku 1969.
21.srpna 1968 pořídil v pražských ulicích přímo na místech největších střetů dokumentární záznam prvního dne sovětského vpádu a z pořízených záběrů sestříhal své ORATORIUM PRO PRAHU /opět ještě téhož roku cena FIPRESCI v Mannheimu/.I pro tyto postoje vyjádřené činy mu byla /stejně jako jeho tehdejší manželce Martě Kubišové/ za normalizace zcela znemožněna jakákoli umělecká činnost.
V roce 1974 byl nucen vycestovat a léta do roku 1990 prožil v SRN, Velké Británii a USA. V Evropě v letech 1975 natočil filmy THE CZECH CONNECTION, dokument KRÁLOVSKÁ SVATBA a PROMĚNU, adaptaci stejnojmenné povídky Franze Kafky podle scénáře, který už v šedesátých letech napsal se svým bratrancem, filozofem Jiřím Němcem. V USA se v komerčním prostředí Hollywoodu se svou vyhraněnou orientací jako režisér hraných filmů neprosadil, ačkoliv napsal řadu scénářů. Za svůj dokumentární portrét polského exilového spisovatele, laureáta Nobelovy ceny Czeslawa Milosze z roku 1988 byl nominován na kalifornskou EMY/televizní Oskar/. Vyučoval také filmovou režii na berkeleyské a yaleské univerzitě.
Po návratu do ČR režíroval v roce 1990 V ŹÁRU KRÁLOVSKÉ LÁSKY,nedoceněnou,ale zdařilou vlastní adaptaci slavného románu Ladislava Klímy Utrpení knížete Sternenhocha. Nedostatečná kultivovanost polistopadové filmové kritiky,jíž chybí pro rozeznávání filmového umění v české filmové produkci dost jemný metr,poznamenala přijetí dalšího filmu,nikoli poprvé ani naposled experimentujícího s novými technologiemi i formou, JMÉNO KÓDU RUBÍN. Kvality filmu dokládá i jeho ohlas při komerční videodistribuci v
USA.
Po návratu do Čech, kde nyní trvalé žije a mj. i přednáší na katedře režie dokumentárního filmu na FAMU, natočil řadu krátkých dokumentů, například GEN Arnošta Lustiga, Jana Hammera, Ester Krumbachové a GENUS Marty Kubišové, jakož i hodinový portrét česko-portugalského básníka FRANTIŠKA LISTOPADA.
