Allison Lee Hannigan se narodila 24. března 1974 ve Washingtonu, District of Columbia. Její rodiče Albert Hannigan a Emílie Posner se rozvedli rok po jejím narození a Aly povětšinu vyrůstala u své matky v Atlantě. Od roku 2003 je šťastně vdaná s Alexisem Denisofem, kterého potkala na natáčení Buffy, kde sám hrál. Má tetování delfínů na kotníku a japonský znak pro štěstí na zádech.
Ačkoliv účinkovala už jako malé dítě, její herecká kariéra oficiálně začíná až po přestěhování do Los Angeles v roce 1985. Její první větší film nese název Má nevlastní matka je mimozemšťan, science-fiction komedie, ve které si zahrála se Sethem Greenem, který později hrál v Buffy jejího přítele. Za tento film byla nominována na cenu Young Artist Award za nejlepší mladou herečku.
V roce 1997 byla Alyson obsazena do role Willow Rosenberg v seriálu Buffy, přemožitelka upírů. Tento seriál se stal velice populárním a Aly byla několikrát nominována na nejrůznější ceny a nakonec v roce 2003 získala cenu Saturn Award. Následně hrála v několika známých filmech jako American Pie 1, 2 a 3, Boys a Girls, American Wedding a mezi novější patří Date Movie.
V roce 2005 se vrátila k seriálům. Můžeme ji vidět pravidelně v seriálu How I Met Your Mother a občas se objevující v seriálu Veronica Mars.
