Narodil se v Praze. Po dokončení Akademického gymnázia ve Štěpánské zamířil na FAMU kde studoval obor scénárista, dramaturg. Už během studií na konci 80. let zrežíroval ve vlastní produkci dva krátkometrážní snímky CO VŠECHNO CHCETE VĚDĚT O SEXU A BOJÍTE SE TO PROŽÍT a L.P. 1948. Následně napsal spolu s někdejším spolužákem Petrem Jarchovským scénář k filmové komedii debutujícího Ondřeje Trojana PĚJME PÍSEŇ DOHOLA.
Zlom v jeho kariéře však znamenal až rok 1993, kdy jako režisér natočil svůj první celovečerní snímek ŠAKALÍ LÉTA, opět podle scénáře Petra Jarchovského. Muzikál popisující těžké časy v 50. letech a příchod rock and rollu do Čech se stal nejúspěšnějším filmem roku a Hřebejkovi vynesl Českého lva a obrovskou přízeň diváků. V r. 1996 realizoval televizní seriál pro děti KDE PADAJÍ HVĚZDY, který se prodal do mnoha zemí Evropy. Dalším úspěchem byla trojice povídek pro televizní cyklus BAKALÁŘI, za nějž získal několik dalších prestižních ocenění.
S koncem 90. let pak přicháží nejúspěšnější období Hřebejkovy tvorby. Tradičně ve spolupráci se scénáristou Jarchovským a producentem Ondřejem Trojanem natáčí v r. 1999 divácky velice ceněnou smutnou retrokomedii z 60. let PELÍŠKY. O rok později představuje svůj asi nejlepší snímek MUSÍME SI POMÁHAT, ve kterém dvojice manželů (B. Polívka a A. Šišková) ukrývá za 2. světové války židovského uprchlíka. Film získal celkem 6 Českých lvů a dokonce nominaci na Oscara. Podobně úspěšná byla i další retrokomedie, tentokrát z let osmdesátých PUPENDO a zatím poslední režisérův projekt HOREM PÁDEM, kde si vzal na paškál problémy současnosti a propojil zde osudy několika rozdílných osob (podle jeho vlastních slov mu byl volnou inspirací americký snímek MAGNÓLIA).
Jan Hřebejk patří bez diskuze k nejlepším českým režisérům současnosti. Každé jeho další dílo je v Česku očekáváno s napětím. Kromě celovečerních filmů Hřebejk také příležitostně režíruje v pražském divadle Pod Palmovkou a občas natáčí také v oblasti reklam a dokumentů.
